Las Cartas Mágicas (魔 法カード, Spell Cards, anteriormente conocidas como Magic Cards.) son de color verde y pueden tener varios efectos que alteran un duelo. Suelen tener efectos que benefician al controlador de la carta, o perjudican al rival. Todas las Cartas Mágicas son de Velocidad de Hechizo 1, excepto las Cartas Mágicas de Juego Rápido, que son Velocidad de Hechizo 2. Puedes usar tantas cartas mágicas como quieras por turno.
Aunque las cartas mágicas no suelen ser tan poderosas como las Cartas de Trampa, tienen la ventaja de que se pueden usar en el mismo turno sin tener que colocarlas antes. Una carta mágica colocada puede ser activada en el turno en el que es colocada (a no ser que el efecto de otra carta diga lo contrario), pero no en el turno de tu adversario (excepto las Cartas Mágicas de Juego Rápido).
En un mazo común, las cartas mágicas ocupan una parte muy pequeña del total, menos de la mitad (entre 12 y 15 cartas). En conjunto con las Cartas de Trampa suelen formar la mitad del mazo.
Muchas cartas mágicas poderosas han sido prohibidas (Formato Avanzado), como por ejemplo Raigeki. Upper Deck sacó posteriormente cartas para sustituir a las prohibidas, en este caso, Vórtice de Relámpago, que requiere Descartar una carta y sólo destruye monstruos Boca Arriba.
Usadas con astucia, una sola carta mágica puede alterar el resultado del juego. No es raro que se hayan ganado Duelos por el uso de una sola carta. Abundancia del Cristal (Formato Avanzado) o Ganga de Arrancada (Formato Tradicional) son ejemplos de ello.
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